Entre las infraestructuras afectadas, según la declaración de impacto ambiental publicada en el Boletín Oficial del Estado (BOE), se encuentran el Real Canal del Manzanares y los yacimientos arqueológicos de Las Terrazas del Manzanares, que tienen la consideración de Bien de Interés Cultural (BIC); el yacimiento de Casas del Cerro Perales; el Charco del Sombrero y el Cerro de La Gavia. En este sentido, la Dirección General de Medio Ambiente regional destaca también que este trazado no tendrá incidencias sobre el parque Regional del Sureste: «Pero sí podría afectar al patrimonio arqueológico y antropológico» de la región. Por su parte, la Dirección General de Carreteras de la Consejería de Transportes e Infraestructuras sostiene que el trazado del proyecto «interfiere» con la autovía M-45 y con la conexión entre esta carretera y la M-50.Pese a los reparos del Gobierno regional, la Secretaría de Estado de Cambio Climático del Ministerio de Medio Ambiente ha acordado aprobar la declaración de impacto ambiental, asegurando que el trazado elegido alteraba «en menor medida» el medio urbano y rural. Por su parte, los grupos ecologistas sostienen que el Gobierno central pretende, con este trazado, permitir la construcción de un canal de remo para las futuras olimpiadas, tal y como está previsto por el Ayuntamiento de Madrid. Pese a que Medio Ambiente no considera «significativos» ninguno de los impactos del plan, el ministerio explica su intención de poner en marcha medidas compensatorias y correctoras que harán que la incidencia ambiental sea «mínima». De esta forma Fomento, que reconoce que el trazado coincide parcialmente con el área geológica Ribera del Manzanares, adelanta que las obras se realizarán ocupando la menor superficie posible de terreno: «Se ha de ser más estricto en la zona sensible de cantiles yesíferos. Además, se cubrirá con vegetación autóctona». En cuanto a las medidas de protección del patrimonio cultural, el trazado discurre, según Fomento, «por una de las áreas más ricas en yacimientos de la Comunidad de Madrid: el entorno del río Manzanares». Entre estos terrenos están los yacimientos de las Terrazas del Manzanares y Casas del Cerro Perales. A este último el Ministerio prestará especial atención al constatar en la declaración de impacto ambiental que será atravesado por las vías del tren. El Ministerio asegura también que tiene intención de coordinarse con la Consejería de Cultura para realizar una prospección arqueológica de la franja de terreno ocupada por la infraestructura y de las superficies afectadas, como por ejemplo los vertederos, las instalaciones auxiliares y los caminos de acceso a las obras: «Estos trabajos se desarrollarán de forma paralela a la redacción del proyecto de construcción. De sus conclusiones se derivarán los posibles ajustes del trazado y las actuaciones dirigidas a garantizar la adecuada protección del patrimonio arqueológico, paleontológico y arquitectónico». Fomento también realizará estudios relacionados con los efectos que sufrirán la flora y la fauna. En este sentido, se tendrán en cuenta las especies protegidas como es el caso de la vegetación gipsícola (plantas que viven en zonas yesíferas), cuyos ejemplares afectados serán transplantados. El proyecto del ministerio tiene previsto también reponer la vía pecuaria Colada de Torrecilla y compensar la pérdida de superficie de zona verde del parque Lineal del Manzanares. Para eso habilitará una pantalla de árboles entre el ferrocarril y el futuro parque Lineal para aislarlo visualmente de las zonas colindantes. Para ello utilizarán especies autóctonas. También se restaurarán los ejemplares afectados por los trabajos y se plantarán árboles en zonas degradadas. Además se protegerán los nidos de aves y se instalarán otros nuevos después de realizar un censo de parejas. Todas estas medidas se plasman en el proyecto de construcción del trazado del AVE y será coordinado con el Ayuntamiento de Madrid y con la Confederación Hidrográfica del Tajo (CHT), que ya ha solicitado que las aguas de los arroyos deberán ser conducidas al río Manzanares y no al canal. Fomento incorporará también un programa de vigilancia ambiental.